XML数据库是一类专为XML数据设计的系统，保留树形结构、支持XPath/XQuery查询、允许结构灵活变化并维护原始XML语义；主流工具有eXist-db、BaseX、MarkLogic等。

XML数据库不是一种独立的数据库类型，而是一类专门面向XML数据存储与查询的系统。它不强制把XML结构打散成关系表，而是保留原始树形结构，适合处理深度嵌套、结构多变或文档型数据。

原生XML数据库的核心特点

原生XML数据库（Native XML Database，NXD）以XML文档为基本存储单位，直接按树形结构组织数据，不依赖关系模型。它的关键特征包括：

• 存储单位是完整XML文档或文档片段，不是行或字段
• 支持XPath、XQuery等原生XML查询语言，可精准定位元素、属性、文本节点
• 不强制要求DTD或XML Schema，允许结构灵活变化
• 保留CDATA、注释、处理指令、命名空间等原始XML语义信息
• 元素顺序被严格维护，这在关系数据库中通常不保证

主流原生XML数据库工具

目前活跃且开源可用的原生XML数据库主要有以下几种：

• eXist-db：基于Java，支持XQuery 3.1、XPath 2.0，内置全文检索、WebDAV、RESTXQ接口，适合内容管理、数字人文等场景
• BaseX：轻量级、高性能，启动快，命令行友好，对XQuery支持全面，常用于教学、原型开发和中小规模XML应用
• MarkLogic（商业为主）：企业级产品，支持JSON/XML/二进制混合存储，强事务、安全与集群能力，常见于金融、医疗等高要求领域
• Xindice（已归档但仍有参考价值）：Apache早期项目，定义了XML:DB API标准，是理解原生XML数据库设计思想的重要案例

原生XML数据库典型使用方式

以BaseX为例，日常操作简洁直接：

• 启动服务后，用CREATE DB mydb新建数据库

• 执行ADD /path/to/data.xml导入单个XML文件，自动解析并建立索引
• 用XPath如//book[price 或XQuery如for $b in //book where $b/price 查询
• 支持XUpdate语法更新节点，例如修改价格：29.99
• 导出时可指定格式，如EXPORT /output/exported.xml保存结果

什么时候该选原生XML数据库

它不是万能替代品，适用场景有明确边界：

• 数据天然就是XML格式，比如配置文件、电子书（DocBook/TEI）、法律文书、医学CDA文档
• 结构频繁变动，难以预先建模，关系映射成本过高
• 查询集中在路径导航、子树提取、内容匹配（如全文+结构约束）
• 数据量中等（GB级以内），并发用户不多，不强调ACID事务或毫秒级响应
• 已有大量XSLT/XQuery技能栈，希望复用现有工具链

如果数据需要强一致性、高并发写入、复杂关联分析或与传统业务系统深度集成，关系型数据库（如PostgreSQL带xml类型）或混合方案反而更稳妥。

基本上就这些。